第一次变迁：1992年撤区扩镇并乡
1992年，全国上下掀起了“撤区扩镇并乡”热潮。省民政厅下发了《关于瑞安市撤区扩镇并乡方案的批复》，5月23日，温州市政府下发《关于瑞安市撤区扩镇并乡方案的通知》。具体实施如下：
一、撤销塘下、莘塍、仙降、马屿、陶山、高楼、湖岭7个区公所。
二、东山镇并入城关镇；孙桥乡并入飞云镇；白门乡、梓岙乡路溪等6个村并入丽岙镇；梓岙乡沈岙等8个村并入仙岩镇；三都乡并入塘下镇；新华乡并入鲍田镇；董田乡、民公乡并入莘塍镇；新江乡并入仙降镇；江浦乡、清祥乡并入马屿镇；凤翔乡并入平阳坑镇；丰和乡并入陶峰镇，并更名为陶山镇；坑源乡并入湖屿桥镇，并更名为湖岭镇；汀田乡、里学乡、大典下乡合并，建立汀田镇；九里乡、薛里乡、上望乡合并，建立上望镇；浦西乡马河等3个村并入碧山乡，建立碧山镇；凤山乡并入罗南乡，并更名为罗凤乡；桐溪乡并入浦西乡，并更名为桐浦乡；周苌乡并入云江乡，并更名为云周乡；岭雅乡并入林溪乡；川和乡并入金坪乡，并更名为金川乡；瑶庄乡并入咸芳乡，并更名为芳庄乡。同时，撤销上述26个乡和东山镇建制。
第二次变迁：2000年东部乡镇行政区划调整
为提前基本实现现代化目标，促进社会经济进一步发展，2000年对我市东部乡镇的行政区划进行了调整，全市乡镇设置数从46个减少到32个，基本上形成了城市中心、城市次中心、中心镇、一般乡镇4个层次的协调发展，构筑了“一城三镇”的发展格局，为今后中等城市的城区建设打下了基础。2000年6月，省政府下发《关于瑞安市调整部分乡镇建制的批复》，同意我市部分乡镇建制作如下调整：
一、撤销塘下镇、鲍田镇、场桥镇、海安镇、梅头镇、罗凤镇建制，合并设立新的塘下镇。调整后的塘下镇辖99个行政村、10个居民区。
二、撤销城关镇、上望镇、潘岱乡建制，合并设立安阳镇。安阳镇辖75个行政村、39个居民区。
三、撤销飞云镇、林垟镇、阁巷镇、云周乡建制，合并设立新的飞云镇。调整后的飞云镇辖72个行政村、5个居民区。
四、撤销仙降镇、江溪镇建制，合并设立新的仙降镇。调整后的仙降镇辖40个行政村。
五、撤销马屿镇、篁社镇建制，合并设立新的马屿镇。调整后的马屿镇辖58个行政村、3个居民区。
第三次变迁：2001年仙岩丽岙梅头划入温州
2001年，省政府下发《关于调整温州市市辖区行政区划的通知》，我市仙岩、丽岙、梅头被划入温州市区。
一、将塘下镇的上涂、西一、中星、东门、埭头、石坦、屿门、邱宅、东溪、东成10个村和前冈、后冈2个居委会划入龙湾区。
二、将丽岙镇、仙岩镇划入瓯海区。
第四次变迁：2003年安阳镇撤镇建街道
为加快推进城市化进程，优化资源配置，解决我市城区管理体制存在的矛盾和问题，我市于2003年撤销安阳镇建制，设置了6个街道办事处，由“镇管城市”转为“市管城市”，进一步理顺了城市管理体制，真正实现了由县到市的转变。
2003年12月，省政府下发《关于瑞安市部分行政区划调整的批复》，同意我市部分行政区划作如下调整：
撤销安阳镇建制，其行政区域改由市政府直辖。同时，在此区域内设立安阳、锦湖、玉海、潘岱、东山、上望6个街道办事处，作为市政府的派出机构。调整后的瑞安市辖6个街道、12个镇、19个乡。
第五次变迁：
2011年的乡镇撤扩并和2012年的撤销部分镇属办事处
我市作为温州大都市区的南翼中心城市，现有的行政格局和管理体制已不适应发展要求。在东部发达地区，乡镇规模偏小、腹地不够、体制不顺，“半城市化”问题突出；在中西部山区，乡镇数量过多、布局分散、集聚辐射能力不强，针对东、西部不同的实际需求，分别实施撤镇建街道和撤乡扩镇，有利于强化乡镇管理和服务功能，理顺城市管理体制，加速我市新型城市化和新型工业化进程，大幅提升城乡一体化水平，促进经济社会协调发展。
2011年4月15日，省政府下发《关于瑞安市部分行政区划调整的批复》，同意我市原有37个乡镇街道调整为5镇10街道，即塘下、陶山、湖岭、马屿、高楼5个镇和安阳、玉海、锦湖、东山、上望、莘塍、汀田、飞云、仙降、南滨10个街道。
2011年5月25日，温州市委、市政府下发《关于瑞安市设立都市型功能区的批复》，同意我市设立安阳城区、滨海新城区、塘下北市区、飞云南市区4个都市型功能区。
2012年，我市撤销部分镇属办事处。
第六次变迁：2016年9镇12街道2乡
去年12月25日，省政府下发《关于瑞安市部分行政区划调整的批复》，同意我市原有的5镇10街道调整为9镇12街道2乡，即安阳、玉海、锦湖、潘岱、东山、上望、莘塍、汀田、飞云、仙降、南滨、云周12个街道，塘下、陶山、桐浦、湖岭、林川、马屿、曹村、高楼、平阳坑9个镇，芳庄、北麂2个乡。
2016年2月25日，全市部分行政区划调整实施大会召开。会上，宣读了温州市人民政府《关于瑞安市部分行政区划调整的批复》，宣布了新设立乡镇(街道)帮助筹备人员名单，并为新设立乡镇(街道)授牌授印。
